51 menuntun langkahnya untuk menemukan sumber-sumber pengetahuan dalam Islam yang luas (Haroen: 2015). Said Aqiel Siradj adalah putra ke dua dari lima bersaudara yang dikenal dengan sebutan Pandawa Lima yaitu Abuya KH. Ja‟far Shodiq Aqiel Siradj (Alm), KH. Said Aqiel Siradj, KH. Muh. Musthofa Aqiel Siradj, KH.KH Said Aqil Siraj adalah keturunan Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati Cirebon) melalui jalur nasab Kraton Gebang Ilir Kuningan Cirebon.. bukan melalui jalur sultan Banten seperti yang banyak beredar di dunia maya. Kedatangan Kiai Sai'd ke Gedongan untuk kemudian membangun pesantren di tempat itu beragam versi, ada yang menyatakan menghindari kejaran Belanda karena beliau terlibat dalam pemberontakan yang digagas Bagus Rangin dan Kesultanan Cirebon, adapula yang berpendapat beliau datang ke Gedongan semata-mata hanya untuk uzlah dan menyebarkan agama 2.1 Mengarungi Samudera Ilmu KH. Said Aqil Siradj kecil tumbuh dalam tradisi dan kultur pesantren. Dengan ayahandanya sendiri, ia mempelajari ilmu-ilmu dasar keislaman. Kiyai Aqil merupakan putra Kiai Siradj, yang masih keturunan dari Kiyai Muhammad Said Gedongan.
Baik Kiai Mahrus maupun Kiai Said Aqil Siradj merupakan keturunan Kiai Sa'id pendiri Pesantren Gedongan. Kiai Sai'd nama aslinya Muhamad Sa'id, beliau hidup pada sekitar tahun 1800 an, belum ada kepastian tanggal, dan tahun beliau dilahirkan. Kiai Sai'd dilahirkan di Desa Pesawahan Sindanglaut Cirebon.